前總統陳水扁在卸任時攜帶總統府文件到陳水扁辦公室，總統府兩度行文請扁辦返還不成，以公務侵占罪函請特偵組偵辦，特偵組今天(15日)指揮檢察事務官兵分兩路搜索台北市館前路、臨沂街舊、新扁辦等處，查扣58箱文件。

陳前總統在卸任前從總統府帶走20多箱檔案文件，立法院日前取消陳水扁禮遇金與辦公事務費，造成扁辦運作困難必須搬家，扁辦於6月22日發函給總統府與特偵組，希望相關單位對這20幾箱檔案、文件應該如何處理進行溝通與協商。

總統府接獲通知後，曾聯繫扁辦並兩度行文將屬於總統府的公文書返還，但扁辦表示需待陳水扁釋放後才能處理。扁辦主任陳淞山8日表示，扁辦在8月24日發文總統府，表明歸還檔案與文件必須等陳水扁解除羈押或者陳水扁有所指示再作處理，結果府方在8月31日回函要扁辦3天內將相關檔案與文件返還，「這有實際的困難」。

由於事涉國家文件檔案保全問題，總統府10日以公務侵占罪函請特偵組偵辦，特偵組簽分「特他字」第30號案件偵辦，並於上午以證人身分傳喚陳淞山說明。

特偵組在偵訊陳淞山後出示搜索票，隨後檢方帶著陳淞山及30多名警員前往台北市館前路扁辦舊址搜索，查扣58箱文件後，再轉往臨沂街扁辦新址搜索。事後陳淞山表示，這是特偵組配合總統府進行有計畫的政治操作，藉此轉移花博案焦點，並以打扁炒熱五都選情。